本人是win11，薛定谔版本是12.9。
官网：https://www.schrodinger.com/
本篇文章的示例大分子蛋白PDB ID为4KNN，小分子配体的MOL ID为MOL004004。

1.导入小分子配体并处理

file/import structure导入我们的mol2格式，在这我使用的是presets/simple显示，如下：

需要注意的是，这时我们展开配体的层级，可以看到其默认为<1>。

我们需要将其层级名称改为UNK，方便后续导出的文件里面是UNK而不是<1>。

因为UNK是更加通用的用法，方便其他软件识别。
而且这样会让配体自动加上链名，利于后续Charmm-GUI识别并区分其和蛋白质。

我们在工作区选中配体条目，并在层级结构选中配体的所有原子。
打开操作区的BUILD，选中Other Edits/Change Atom Properties

勾选Residue Name并输入UNK后Apply。

此时打开配体层级就会发现变成了UNK而且链名变为U。

2.LigPrep讲解（可跳过）

在右上角的操作区的tasks搜索LigPrep，打开面板如下：

图源：知乎

2.1.选项1：导入

选项1：支持从：

• workspace（工作目录下）
• project table（左侧的entry list）
• file导入小分子配体文件。

而且支持批量导入。因为我们在1.导入小分子配体中将配体已经导入了工作区，所以在这我们选择project table

2.2.选项2：自定义筛选条件

选项2：在选项1选择了批量导入小分子配体时，选项2的过滤就显得比较有用了，这使得我们可以自定义筛选条件。

create打开新面板如下，general attributes是常见属性，functional group counts主要是针对官能团的。

譬如如果我们希望导入的批量小分子中，只有分子量＜500，且手性中心数＜1的是合格的。

我们可以选中Molecular_weight后选择>500，再点击add，下方条件面板自动添加上该条件。同理再加上手性中心的条件，最后点击ok（如果想要从条件面板中删去条件，选中条件后点击右侧delete即可）。

2.3.选项4：离子化状态

Ionization：

• Do not change：不做任何改变。
• Neutralize：确保电中性。
• Gnerate possibel states at target pH：在pH范围内离子化。一般建议选择第三个。

Using：

• Ionizer：免费的模块
• Epik：相比Ionizer更准确（而且可以预测互变异构体等），但需要额外的license。
  • add metal binding states：如果对接用的受体是金属蛋白，即对接口袋中有金属离子，需要勾选。这个是用来添加小分子和金属离子结合时的状态的。
  • Include original state：有可能输入的小分子在给定的pH范围内不会存在，为了避免这种情况，使得后续至少有输出，需要勾选。

2.4.选项6：computation

Computation：

• Retain specified chiralities(vary other chiral centers)：根据输入文件产生手性信息，适用于输入结构不包含手性，即输入的是2D结构文件的情况。
• Determin chiralities from 3D sturcture：不考虑输入结构里包含的信息，而是直接从3D结构来考虑信息，适用于输入的本来就是3D结构文件的情况。
• Generate all combinations：产生所有可能的手性，一般不勾选这个选项。

因为我们在1.导入小分子配体中导入的是mol2结构，是3d结构，所以在这勾选第二个选项。

注意mol2和sdf格式，有2d也有3d，需要导入薛定谔或者pymol看是呈现2d还是3d。

2.5.job settings

如果是批处理小分子配体，那么可以点击job name右侧的⚙图标，打开面板如下。
可以根据电脑的线程数选择子任务数量。譬如我的电脑是12核24线程的，我就在这把processors和subjobs都调整成12个。

查看电脑核心和线程数可以见本人虚拟机专栏p2

3.LigPrep实战

确保工作区选中了配体条目，然后在右上角的操作区的tasks搜索LigPrep，打开面板如下。
调整第一个选项为project table，并调整computation为第二个选型后点击run。

完成后生成ligprep_1文件夹。同时工作区产生条目如下：