本人是win11，薛定谔版本是12.9。
官网：https://www.schrodinger.com/
本篇文章的示例大分子蛋白PDB ID为4KNN，小分子配体的MOL ID为MOL004004。

1.SiteMap预测蛋白口袋/活性位点

在工作区只选中minimized的蛋白条目，如下：

在右上角的操作区的tasks搜索SiteMap，打开面板如下：

直接点击run即可，完成后左边工作区显示预测出来的口袋条目，选中后点击⚙的show property：


图源：知乎

在choose那里搜索sitemap primary，然后会出现四个属性，依次选择其中的sitescore、dscore 、volume，属性会出现在左侧的选中框里，如下：

然后再叉掉sitemap primary，搜索balanced。

总之，最后得到如下四个属性值：

图源：知乎

最后显示属性如下，我们将符合条件的筛选出来：SiteScore>1 、DScore > 1, balance > 0.3 、volume > 225。

如果不能全部满足，那么只满足SiteScore>1 ，置信度也很高了。

2.receptor grid generation讲解（可跳过）

在右上角的操作区的tasks搜索receptor grid generation，打开面板如下：

以下图源部分来自知乎https://zhuanlan.zhihu.com/p/416698194。

2.1.receptor

选项2：薛定谔的Glid是半柔性对接，即小分子是柔性，受体是刚性（但是可以通过范德华半径的缩放给予一定柔性）

注意不同的缩放范德华半径，会得到不同的对接打分，所以即使是两次同样的蛋白配体复合物进行对接，只要设置了不同缩放半径，就不可以直接对比对接效果。

2.2.Site

勾选display box，出现紫色盒子。

绿色盒子一般是用来限制结合模式的。绿色盒子越大，允许搜索更多的结合模式，绿色盒子越小，加快对接。

一般绿色盒子被调的过大，紫色盒子也会跟着自动变大。

2.3.其他

在某些情况下，您可能希望防止配体占据某些空间区域。例如，如果您在已知配体不结合的活性位点附近有一个口袋，您可能希望阻止配体占据该口袋。另一种情况是蛋白质的某些部分缺失，而您想要防止配体占据该区域。

2.4.报错（建议看下）

有时候，我们可能会试图在主页面用鼠标点击一下想要的活性位点的任意原子这一步时报错如下：

这说明我们可能点击的不是活性位点的原子（一般是白色小球），而是点击到了蛋白质的原子，导致内存过大，计算不过来了。

打开报错文件，显示如下：

可以看到最后一句说MemoryError，就是内存泄露的意思，侧面作证如上。

3.receptor grid generation实战

在工作栏同时选中minimized蛋白质和想要的活性位点

勾选pick to identify并更改选项为entry，勾选show markers。

然后在主页面用鼠标点击一下想要的活性位点的任意原子（在这里就是这些白色小球）
发现紫框定位到活性位点所在区域，而且活性位点的原子都由绿框框住，代表被选中。最后点击run即可。